Στην πύελο, οι σχετιζόμενες με την ενδομητρίωση διαδικασίες φλεγμονής προκαλούν ένα οξειδωτικό περιβάλλον ικανό να επηρεάσει την φυσική σύλληψη. Τα ωάρια και το σπέρμα, που έρχονται σε επαφή με το υγρό της πυέλου όταν συναντιούνται στο απώτερο τμήμα της σάλπιγγας, εκτίθενται στο τοξικό περιβάλλον που προκαλείται από τις φλεγμονώδεις διεργασίες της ενδομητρίωσης. Με αυτό τον τρόπο προκαλείται αλλαγή της ποιότητας του σπέρματος και των ωαρίων, καθώς και των αλληλεπιδράσεων σπέρματος-ωοκυττάρων. Γνωρίζουμε ότι ακόμη και μια σύντομη έκθεση σπέρματος ή εμβρύων στις τοξικές επιδράσεις ενός μέσου μπορεί να αλλάξει τα έμβρυα και την ικανότητά τους να αναπτυχθούν και να μειώσουν τις πιθανότητες επιτυχίας στις τεχνικές υποβοηθούμενης αναπαραγωγής.

Οι επιδράσεις της ενδομητρίωσης των ωοθηκών ή/και των ενδομητριωμάτων μεταβάλλουν κυρίως την απόκριση στη διέγερση των ωοθηκών. Είναι γνωστό ότι οι ασθενείς με ενδομητρίωση τείνουν να έχουν λιγότερα ωάρια και υψηλότερα ποσοστά ακύρωσης λόγω μη ανταπόκρισης στα φάρμακα. Πρόσφατες αναφορές δείχνουν ότι, ωστόσο, τα ποσοστά επιτυχίας των τεχνικών υποβοηθούμενης αναπαραγωγής των γυναικών με και χωρίς ενδομητρίωση είναι παρόμοια. Φυσικά, η μόλυνση των ανακτηθέντων ωαρίων με το υλικό της ενδομητρίωσης θα επηρεάσει το αποτέλεσμα.

Τέλος, η ενδομητρίωση είναι γνωστό ότι επηρεάζει επίσης την ίδια τη μήτρα και διαταράσσει τις μεταβολές του ενδομητρίου που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια της ωχρινικής φάσης των φυσικών ή διεγερμένων κύκλων. Aυτή η κατάσταση πηγάζει από φλεγμονώδεις διεργασίες που λαμβάνουν χώρα στο ενδομήτριο. Το τελευταίο προκαλεί αντίσταση στις επιδράσεις της προγεστερόνης Ωστόσο, αυτές οι επιδράσεις της ενδομητρίωσης διορθώνονται με καταστολή των ωοθηκών χρησιμοποιώντας είτε αντισυλληπτικά είτε έναν αγωνιστή της ορμόνης που απελευθερώνει τις γοναδοτροπίνες.